La 28 martie 1989, după ce nava spaţială sovietică s-a aliniat cu Phobos, agenţia de ştiri Tass a anunţat că Phobos 2 nu a putut comunica cu Terra, cum programase, după ce a îndeplinit o operaţie în jurul lunii Phobos a planetei Marte.
Oamenii de ştiinţă aflaţi la comanda misiunii nu au putut stabili contactul prin radio. În timpul aliniamentului, Phobos 2 a transmis o imagine prezentând o umbră lungă care părea a fi între nava spaţială şi planeta Marte.
