Viața amoroasă a vraciului Merlin este de obicei marcată de atracția lui față de femeile tinere frumoase. În lucrarea medievală Vita Merlini (scrisă în 1150), ni se dezvăluie faptul că soția lui este Gwendoline (Guendolonea), dar că nutrește o mare pasiune pentru sora lui Ganieda (Gwendydd).
El află despre infidelitatea soției sale, călărind un cerb și merge la palat în compania animalelor din pădure. Îl vede de la o fereastră pe amantul consoartei lui și izbucnește în râs. Puțin mai târziu, vraciul Merlin smulge coarnele cerbului său și le aruncă în capul omului care piere pe loc.
Din multe texte vechi s-a îndepărtat însă relația incestuoasă dintre Merlin și Ganieda, care va fi înlocuită cu zână Viviana (sau Doamna lacului), cea care i-a dat sabia magică invincibilă Excalibur regelui Arthur Pendragon (cel care a organizat apărarea popoarelor celtice din Britania în fața invadatorilor germanici la sfârșitul secolului V sau începtul secolului al VI-lea), apoi ghidându-l spre a muri la Avalon (insula pe care se presupune că trăia zâna Morgana) după bătălia de la Camlann.
Dar în lucrarea Vita Merlini scrie că regele legendar Arthur a fost condus în ultima sa călătorie chiar de vraciul Merlin pe insula Avalon, unde erau așteptați de zâna Morgana împreună cu cele opt surori ale sale.
Merlin nu rezistă la farmecelor Doamnei lacului și-i dezvăluie secretele lui de vraci privind arta otrăvirii, numai că destinul va face ca Viviana să se întoarcă mai târziu împotriva lui pentru a-l otrăvi.
În lucrarea Lancelot-Graal (secolul XIII), Merlin pare a fi un desfrânat și înțeleapta Viviana (în vârstă de 12 ani ) se luptă să-l protejeze de pasiunile lui.
