La 21 februarie 1804, imam-ul musulman Usman dan Fodio, amenințat de Younfa, regele din Gober, a fugit la Gudu. Fuga lui a fost comparată cu cea a lui Mahommed, crescându-i astfel prestigiul.
Usman propăvăduia războiul sfânt (Jihadul) împotriva tuturor nelegiuiților, dar în special contra regilor din oraşele hausa, care erau vinovaţi conform viziunii acestuia de neaplicarea principiilor Islamului.
În anul următor, la 21 iunie, el a repurtat o victorie asupra armatei lui Yunfa la Tabkin Kwato, după care s-a proclamat Comandantul Credincioșilor și a domnit cu autoritate peste Gober până la sfârşitul lui 1817. Cei doisprezece ucenici ai lui cei mai fideli au primit binecuvântarea sa după care au plecat spre a cuceri teritoriile învecinate.
Victoria a atras nenumăraţi aventurieri din Futa Toro (o regiune din nordul Senegalului), Macina (numită şi Diina) și Songhai (Sudanul occidental).

Cu ei, Usman a pus stăpânire pe Kano, care a devenit capitala imperiului său. Acest nou succes, răsunător, a atras ca un magnet pe musulmanii din nordul Nigeriei și Camerunului, precum și populaţiile metişe stabilite de mult timp în regiune.
În fruntea unei armate puternice, Usman a anexat toate regatele hausa (Katsina, Zaria, Nupe, Kebbi, Liptako) și nordul Camerunului între 1804 şi 1808, unde a numit emiri ca să administreze teritoriile cucerite, cel mai adesea pe suveranii învinşi, pe care i-a confirmat în funcții. Aceştia se bucurau de o mare autonomie dar trebuiau să perceapă o taxă (zakat) în conformitate cu legea islamică.
În 1815, Usman a transmis titlul de sultan de Sokoto fiului său Muhammed Bello. În acea vreme, izbucniseră mai multe probleme în provinciile imperiului african.
Populaţia hausa, încurajată de tuaregii din masivul Air și de suveranul din Kanem (Ciad) și Bornu, a respins suzeranitatea teocratică din Sokoto și legea sa islamică. Dar Mohammed Bello a restabilit calmul!
În 1823, Mohammed Bello a supus Ilorin în nordul regatului Oyo. La 13 aprilie 1827, exploratorul britanic Hugh Clapperton (care a luat parte la războaiele napoleoniene) a murit în Sokoto, unde fusese primit de către sultanul Mohammed Bello.
Mohammed Bello a murit în 1837. Fratele său mai mic Usmane (Atiku) i-a urmat ca șef al imperiului până în 1843.
În 1840, armata din Sokoto a fost respinsă din regatul Oyo de populaţia yoruba în bătălia de la Oshogbo. Un an mai târziu, Modibo Adama, un discipol al lui Usman dan Fodio, s-a mutat la Yola și şi-a extins puterea peste zona de sud-est a imperiului din Sokoto.
Până la moartea sa, în 1847, s-a luptat continuu cu triburile animiste din nordul Camerunului și cu adversarul său, sultanul din Mandara. A realizat unitatea Fombinei (în sud), care va lua numele mai târziu de Adamawa, în onoarea sa.
În noiembrie 1842 Ali, fiul lui Muhammad Bello, a preluat puterea în Sokoto la moartea lui Atiku, până în 1855. Domnia sa a fost marcată de revolte și atacuri neobosite împotriva teritoriilor supuse de peuli, în special împotriva Gober-ului care se eliberase între timp și a ultimului sultanat independent hausa Zinder (cunoscut şi ca Damagaram) și regiunea Maradi, zonă forestieră populată de refugiaţii din războaiele anterioare și de supraviețuitorii familiei domnitoare din Katsina care îşi găsise refugiul acolo.
Orașele care alcătuiau Imperiul şi-au recâștigat independența recunoscând autoritatea comandantului credincioșilor stabilit în Sokoto.
În februarie 1903 britanicii au ocupat fără dificultăți Kano, apoi Sokoto în luna martie.