Din ordinul regelui, la Orleans s-a reunit un sinod. Ereticii din oraş au fost arestaţi şi conduşi în faţa clerajului adunat la colegiul Sainte – Croix. Prelaţii existenţi i-au excomunicat şi regele Robert i-a condamnat la moarte. Au fost arşi pe rug, unde catarii au urcat cu o bucurie stranie. Doar un cleric şi o călugăriţă au abjurat, spune Ademar.
În acelaşi timp erezia catară s-a răspândit în sudul Loirei şi în Champagne, apoi în Occitania. Secta a încercat să-şi atragă oameni puternici, care să o protejeze. În 1049 conciliul din Reims a pronunţat excomunicarea contra ereticilor şi contra celor care consimţeau de a-i proteja (Mansi, XIX, 742). Iar în 1056, după o tăcere suspectă a catarilor, un conciliu ţinut la Toulouse i-a excomunicat pe retici şi pe apărătorii pe care i-a găsit deja printre cei mari (Mansi, XIX, 849).
La începutul sec. XII, secta a reapărut mai numeroasă şi curajoasă. Sudul s-a ridicat împotriva Bisericii, iar catarismul a profitat din nou pentru a-şi dezvolta doctrinele. Ducele de Aquitania, Wilhelm al IX-lea, om licenţios şi ostil clerajului, în special episcopului de Poitiers, prezenta simpatie pentru eretici. În 1119, conciliul din Toulouse, prezidat de papa Calixt al II-lea în persoană, şi compus din episcopi şi călugări din Gasconia, Provence, Spania şi chiar Bretania, au declarat ca eretic pe catari şi pe cei care îi apărau.
În Perigord, secta s-a fortificat de la început şi deţinea mai multe castele puternice. Principalele sedii erau la Montfort, Castelnau şi Baymiac. Populaţia ceda la ascendena doctrinelor şi a moravurilor lor. Către 1140, Biserica catară din Perigord avea drept şef un ministru pe nume Pons, cu o influenţă uriaşă asupra populaţiei. Sesizând pericolul, papa Eugen al II-lea l-a însărcinat pe legatul său Alberic, cardinal de Ostia, de a se duce în Sudul Franţei de urgenţă.
Acesta a plecat însoţit de Sf. Bernard, care trebuia prin cuvintele sale să opună cu elocvenţă predicaţiilor ereticiilor. Ajunşi în 1147, au găsit bisericiile abandonate, preoţii vânaţi sau îngroziţi şi populaţia pradă ereziei. Seniorii apărau pe oricine se arăta ostil preoţilor catolici. În fruntea lor se găsea Alphonse, conte de Saint – Gilles şi de Toulouse, scrie Sf. Bunard (Ep. 241). Ereticii făceau ordinea în oraş şi toată lumea le era devotată, aşa încât oamenii papei nu au găsit adepţi printre aceştia.
Catarismul a apărut şi în a doua jumătate a sec XII şi în Nordul Franţei, în Champagne, în Picardia, în Flandra. Sediul său principal se găsea la fortăreaţa de la Montwimer, în apropiere de Chalons. Ca şi în Sud, seniorii au luat parte sectei. Căsniciile s-au destrămat, pentru ca foştii soţi să trăiască viaţa perfectă a catarilor, preoţii s-au alăturat ereticilor, seduşi prin exemplul moravurilor lor şi prin entuziasmul discursurilor ţinute de aceştia, care aveau discipoli pretutindeni. Contele Joan de Soissonos, duşman al Bisericii şi înconjurat de evrei, a favorizat secta, care aveau numeroşi partizani pe domeniile sale, ai cărei şefi erau doi fraţi, Clemence şi Ebrard, ţărani din Bucy, în apropiere de Soissons.
În 1114, aceştia au fost arestaţi şi interogaţi, apoi duşi în închisoare. În 1140, s-au descoperit catari în dioceza din Toul. Opt ani mai târziu, conciliul din Reims, ţinut de Eugen al III-lea, a dezbătut problema ereticilor din Provence şi Gasconia. Catarii ajunseră însă până la malurile Rhinului. Muncitorii purtau erezia din loc în loc, până în Flandra, ceea ce a făcut să se reunească un nou conciliu la Reims, în 1157, care a decretat pedeapsa cu puşcăria pe viaţă, credincioşii vor fi marcaţi cu un fier roşu şi sau vor fi arşi pe rug (conform Mansi). Seniorii nu erau devotaţi clerajului, a cărei putere şi bogăţii le stărnea gelozia.
Din 1076, un anume arhidiacon, pe nume Hubert, a propovăduit erezii în Flandra. Populaţia care adera la catarism îi numea „oamenii buni”. Chiar lor le plăcea să se numească astfel. Catarii se considerau ca singurii adevăraţi discipoli ai apostolilor, adoptând modelul de viaţă, riturile şi sacrementele primelor comunităţi creştine. Se bazau în principal pe învăţămintele Noului Testament, unica lor rugăciune fiind Tatăl Nostru.
Papa Alexandru al III-lea, căruia episcopii din Sudul Franţei i-au prezentat în timpul conciliuluide la Latran un tablou membru al ereziei şi al puterii crescătoare a sectei, a trimis un legat, Henri, în provinciile eretice, adept al catolicismului, care nu a ezitat să înarmeze populaţia, în numele crucii, contra celor care urmau un alt cult. Din 1180, el a urmat trupele pe care le-a adunat şi puţin mai târziu, în primăvara anului 1181, a ajuns pe terenurile vicontelui Roger de Beziers. Mai mulţi şefi eretici s-au refugiat în castelul cel mai puternic al lui Roger al II-lea, Lavur, apărat de soţia vicontelui, Adelaida de Toulouse. Pentru că nu putea să reziste armatei catolice, l-a predat legatului papei. Ereticii au abjurat şi şi-au salvat vieţile, obţinând recompense. Roger a cerut pacea şi a consimţit şi el să abjure erezia. Mai mulţi cavaleri i-au urmat exemplul, conform cronicii lui Gaufredi. Este prima cruciadă contra ereticilor catari din Sudul Franţei. Dar vicontele i-a păstrat la curteea sa pe oamenii buni şi nu a luat nicio măsură pentru expulzarea lor, în profida ravagiilor făcute de această mică cruciadă. Era mai fidel ca niciodată.
Toate tentativele făcute de Biserică împotriva libertăţii de gândire care domnea în Sud, au rămas fără efect. La scurt timp după expediţia armată a legatului Henri, catarii şi-au reluat vechile obiceiuri.
În Germania, dezvoltarea catarismului a fost mai restrânsă decât în Italia şi Franţa. Misionarii băteau ţara, via Italia, Flandra şi Ungaria, din Bavaria şi până în Saxa. Dar numai pe malurile Rhinului, s-au fondat câteva aşezări ale catarilor, în sec. XII. În Anglia însă, a avut destul de puţin adepţi, la Oxfrod. În 1210, unul dintre ei a fost ars la Londra. Urcarea lui Innocent al III-lea pe scaunul pontifical a adus un suflu nou Bisericii, care prin secte, era în faţa unui pericol iminent. Catarii aveau ramificaţii în întreagă Europă şi formaseră în mijlocul lumii ortodoxe o Biserică eretică, puternic organizată şi extrem de puternică prin zelul membrilor săi ca şi prin relaţiile intime care îi uneau pe toţi într-un sungur mare corp. De fapt, catarii dominau ţările slave, în Lombardia şi sudul Franţei. Scaunul papei era ameninţat. În toate straturile societăţii, aveau fideli iar doctrinele lor îi seduceau uşor pe preoţi. Populaţia era pregătită de a se lupta deschis împotriva Romei.
Innocent al III-lea a luat măsuri pentru a reprima ereziile, pentru că se afla în faţa unui pericol incontestabil. Şi a făcut din asta unul din principalele scopuri ale domniei sale. Catarii trebuiau distruşi cu orice preţ! Pentru papă, erezia nu era o eroare, ci o cri?, şi cea mai mare dintre toate. El trata chestiunea ca un despot absolut care trebuia să-i pedepsească pe rebeli exemplar. Politica lui a fost acuzată de riranie şi de intoleranţă, pentru că la urma urmei era şeful Bisericii lui Christos.
Contele de Toulouse i s-a părut prea puternic pentru a-l ataca deocamdată, dar în statele italiene a ordonat imediat violenţe. El susţinea ideea că papa deţine singur întreaga suveranitate (uctoritas). Cel mai puternic dintre duşmanii Romei erau acum italienii. Relaţiile lor cu fraţii din Provence, cu cei din Bosnia, Dalmaţia, Ungaria şi Albania le crescuse încrederea în forţele lor. Erau protejaţi de oamenii bogaţi ai Europei şi aveau simpatia populaţiei. Rezistaseră cu succes Bisericii catolice şi o ameninţau ca niciodată. Milano era sediul Bisericii catare în Italia. În Lombardia, Romagna, Toscana, pretutindeni se aflau catari, chiar şi în jurul Papei Innocent al III-lea.
Când Giovanni Lotario, adică Innocent al III-lea, a urcat pe tronul pontifical, la 8 ianuarie 1198, a găsit secta în Italia. Persecuţia împotriva lor nu a încetat să apară. Legatul papei a cerut pretutindeni magistraţilor de a jura de a nu mai admite eretici în funcţiile publice, şi de a-i priva de dreptul de a participa la alegeri, un jurământ care a fost rar executat.
Catarii au avut de suferit la Viterba, Rimini, Florenţa, Treviso etc. Însuşi împăratul Otton al IV-lea s-a alăturat papei contra catarilor italieni. Zelul lui Innocent al III-lea s-a îndreptat mai ales spre Milano, unde catarii erau foarte puternici. Supărat, a ameninţat că va declanşa o cruciadă împotriva lor, cu sprijinul împăratului Franţei şi cu seniorii fideli din Lombardia.
Între 1208 – 1249 a avut loc cruciada albigesiană, proclamată de Biserica catolică împotriva ereziei, în principal catarismul şi într-o mică măsură valdeismul. Începând cu sec. XII, textele epocii vorbesc despre erezia albigesiană fără însă ca această regiune să fie mai catară decât vecinele sale.
Catarismul era mai implantat în Languedoc, care era dominată de două familii, casa de Toulouse şi casa Trencavel. Pentru că nu au reuşit să se înţeleagă pentru a face un front comun, contele Raymond al VI-lea de Toulouse a plecat în cruciadă, în timp ce Raimond Roger Trencavel s-a pregătit de a se apăra contra cruciadei.
Papa şi sinodurile provinciale din Sudul Franţei se plângeau de decadenţa catarilor, de dezordine. Seniorii aveau puteri depline asupra bisericilor, preoţii nu-şi mai îndeplineau funcţiile pastorale, pretutindeni domnea anarhia încât în biserici se ajunsese să se danseze însoţite de cântece profane. Toate aceste grave infracţiuni de la disciplină se cereau pedepsite. Cele mai mari scandaluri erau date de însăşi prelaţii. Preoţii nu-şi parcurgeau diocezele decât pentru a ridica impozite arbitrare şi pentru a oprima poporul, scrie Gaufredi în cronica sa. Pretutindeni cultul public încetase. Bisericile erau goale şi cădeau în ruine (Patriarchium Bituricesc, 102).
Această decadenţă morală a prelaţilor ca şi a clericilor din ordinele inferioare, a fost una din principalele cauze ale marilor progrese pe care le-a înregistrat secta catarilor în această perioadă în Sudul Franţei.
În situaţia deplorabilă în care se afla clerajul catolic, este normal că puritatea moravurilor ereticilor a contribuit mult la stima profundă pe care o avea lumea pentru ei, care le lăsase o impresie deosebită încât erau veneraţi ca „oameni buni”, ca singurii urmaşi adevăraţi ai lui Christos. „Îi vedem trăind onest”, a spus vechiul cavaler Pons Ademar de Rodelia episcopului de Toulouse care dorea să-l convingă să renunţe la sectă.
Pioşi, austeri, simpli, puri moral, perfecţii erau simpatizaţi de popor. Catarii erau activi, laborioşi, ospitalieri, caritabili, capabili de orice sacrificiu, dădeau gratuit săracilor, aveau grijă de instruirea tinerilor şi de îngrijirea bolnavilor, viaţa lor oferea un exemplu în comparaţie cu clericii corupţi şi avizi după bani şi favoruri, de o moralitate îndoielnică, ceea ce stârnea mânia şi dispreţul populaţiei, desigur. Aproape toţi seniorii din Sud acordau protecţie sectei şi erau membrii săi. Catarii aveau castele puternice, bine apărate.
Principalii protectori ai sectei erau Raimond Roger, viconte de Beziers şi de Carcassonne, fiul lui Roger şi Adelaida de Toulouse care, în 1181, apărase contra unei armate cruciate castelul din Lavur. Apoi, Gaston al VI-lea, viconte de Bearn, Gerald al IV-lea, conte de´Armagnac, Bernard al IV-lea, conte de Comminges, Raimond Roger conte de Foix. Numai pe domeniile lui Wilhel al VII-lea, conte de Montpellier, nu domnea erezia, deoarece seniorul era un apărător plin de zel al papei.
Sub aceşti protectori puternici secta catarilor putea să existe liber şi să se organizeze puternic în Sudul Franţei la începutul sec. XIII. Ea era împărţită în mai multe dioceze: Toulouse, Albz, Carcassonne şi Agen, unde femeile catare se ocupau de educaţia fiicelor nobililor, şi de pregătirea celor care prin Consolamentum (consolarea, sau „botezul spiritului şi focului” prin impoziţia mâinilor, ca practicată de Christos, şi singurul care aduce salutul asigurând revenirea în cer a singurei părţi divine a omului: spiritul. El este punctul de plecare al unei alegeri în viaţă în acord cu doctrina, justă şi adevărată, permiţând naturii divine de a-l dobândi de a se detaşa parţial de la natura mondenă şi de a accede la salut. Consolamentul oficializează deci alegerea novicelui sau a muritorului de a duce o viaţă creştină. Nu este decât recunoaşterea unei stări şi nu un aport al unei calităţi exterioare) dorea să se iniţieze în sectă. Credincioşii le furnizau pâine, fructe, peşte. Persoane de toate rangurile veneau să-i viziteze frecvent şi le arătau venerarea care se acordă unor oameni perfecţi. Catarii aveau propriile lor cimitire, deoarece cele ale bisericilor le erau interzise.
Centrul Bisericii catare din Sudul Franţei era oraşul Toulouse, unde de la început catarii au avut mulţi partizani. Aici se adunau prinţii şi şefii eretici din toate ţările pentru a discuta despre interesele sectei, conform arhivelor Inchiziţiei din Carcassonne.
Pericolul catar pentru Biserică era uriaş. Iar Innocent al III-lea şi-a dat seama repede, după ce s-a urcat pe tronul pontifical de la Roma. Arhiepiscopul din Auch l-a informat despre starea lucrurilor în Sudul Franţei, unde catarii domneau absolut. Papa l-a însărcinat pe acest prelat de a lua măsuri pentru a-i vâna pe eretici. În 1199, pericolul pentru Biserică a crescut după ce catolicii s-au împărţit în Toulouse, privind alegerea unui nou episcop. A fost ales Raimond de Rabastens, devotat contelui de Toulouse. Locuitorii oraşului continuau să fie ataşaţi catarilor şi la nevoie, erau gata să-i apere. Dar după multe schimbări de prelaţi, papa nu s-a intimidat de puterea catarilor şi a ordonat legaţilor din nordul Franţei de a predica o cruciadă contra Sudului şi de a-l angaja acolo mai ales pe regele Philippe – Auguste.
Innocent al III-lea i-a scris el însuşi regelui, la 28 mai 1204, cerându-i să facă toate eforturile pentru a opri progresele ereziei, de a ordona vasalilor săi de a se înarma pentru apărarea credinţei şi de a se pune el însuşi în fruntea lor sau de a-l da drept şef pe fiul său.
Intimidat de aceste pregătiri ale papei, a acceptat în faţa legaţilor acestuia de a-i vâna pe eretici şi de a menţine pacea. Dar şefii catarilor acceptau cu curaj lupta şi s-au declarat pregătiţi de a-şi apăra doctrinele. (Perrin, 7). Dar Beziers şi Carcassonne au fost cucerite de vicontele Trencavel dus după gratii. Furia lui innocent al III-lea nu mai avea margini şi în martie 1208 îi cerea regelui Franţei de a intra cu trupele sale în Toulouse. Papa l-a desemnat pe unul dintre cruciaţi, Simon de Montfort, de a continua lupta (1209). Această crucdiadă a evoluat rapid în război de cucerire, mai întâi sub conducerea preoţilor locali, apoi sub cea a Inchiziţiei (începând cu 1233).
Innocent al II-lea l-a numit pe regele Franţei Philippe Auguste, căpitan general, pentru a-i conduce pe cruciaţi sub steagurile regale „la acest sfânt râzboi”. În numele crucii, papa a pus la punct un adevârat război.
Informat de pregătirile ameninţătoare şi înspăimântat de numărul duşmanilor săi, contele Raimond a cerut iertare, dar legatul papei l-a trimis la Roma. Speriat de invazie, protectorul catarilor s-a oferit să lupte în armata cruciaţilor. O armată de peste 200.000 avansase deja până la Valence. Armata cruciaţilor a făcut prăpăd pe unde a trecut prin satele sau oraşele cu eretici. După ce a căzut Belziers, în regiune s-a instalat panica. Apoi, a urmat Carcassonne, la 1 august.
În fine, domeniile de Carcassonne, d´Albi şi de Beziers au fost anexate domeniului regal în 1226. Domeniul contelui de Toulouse a trecut la Alphonse de Poitiers, un frate al Sf. Ludovic în 1249 şi a fost anexat în 1271. Languedoc, care se găsea la începutul sex. XIII în sfera de influenţă a Regatului de Aragon a trecut în întregime la sfârşitul secolului sub cea a regelui Franţei. Catarii care s-au putut salva, au fugit în Lombardia.
După căderea centrului catar de la Languedoc, rezistenţa ereticilor s-a concentrat în castelele din Pirinei, Montsegur şi Queribus. Conciliul de la Belziers, din 1243, a decis de a termina cu ei şi a ordonat cucerirea castelului de la Montsegur,care a fost luat de către Hugues des Arcis, capul justiţiei din Carcassonne, la 16 martie 1244, după un asediu de două luni. „Oamenii perfecţi” s-au refugiat în castel refuzând de a abjura credinţa lor şi 200 dintre ei au fost imediat arşi (numai trei persoane au reuşit să scape din castel în noaptea precedentă masacrului).
După incendierea castelului de la montsegur, biserica catară a fost dezorganizată. Ultimele castele ale catarilor, Queribus şi mai ales Niort-de-Sault au fost cucerite la rândul lor în 1255.
În 1295, un nobil din Ax-les-Thermes s-a dus în Lombardia, unde se refugiaseră catarii, apoi a revenit încercând să recreeze o biserică catară în Languedoc, dar Inchiziţia a pus capăt mişcării sale în 1309. De altfel, Inchiziţia a distrus complet catarismul în Franţa.
Una din consecinţele acestei cruciade a lui Innocent al III-lea este crearea ordinului dominicanilor şi a Inchiziţiei medievale. Au avut loc execuţii colective, însă nu se cunoaşte numărul exact al victimelor acestei cruciade.
De asemenea, a avut loc reforma clerajului local. Din acest conflict religios armat, cel mai mult a avut de câştigat regatul Franţei, deşi nu a vrut să se implice de la început. Longuedoc, până atunci sub influenţa Cataluniei şi Aragonului, a intrat definitiv sub influenţa franceză. Domeniul personal al regelui (precum şi influenţa lui) s-ai mărit considerabil, ajungând până la Mediterana şi Pirinei. În urma acestor cuceriri, de la coroana de Aragon, Sf. Ludovic a ordonat să se ridice cea mai mare linie de fortăreţe niciodată ridicată până atunci în Europa.